In der heutigen Zeit ist es vielfach üblich, den Kauf von Anlagevermögen mit einem Darlehen zu finanzieren. Hierbei entstehen Schuldzinsen, die entsprechend in der Buchführung zu erfassen sind. Zu beachten ist dabei, dass diese Schuldzinsen nicht den Anschaffungskosten zuzuordnen sind, sondern Betriebsausgaben darstellen. Bei der Buchführung sind daher die Tilgung und die Zinszahlungen getrennt zu buchen.
Der Einnahmen-Überschuss-Rechner bucht die Zinsaufwendungen im Zeitpunkt der Zahlung. Als Nachweis der Höhe der Zinsaufwendungen sollte ein entsprechender Tilgungsplan vorliegen, so dass die Ausgaben in der Buchführung korrekt gebucht werden können. Gerade bei einem Annuitätendarlehen erweist sich dieser als sehr hilfreich. Bei Beanspruchung eines Kontokorrentkredit hängt der Abzug von den Über- bzw. Unterentnahmen ab. Daher sind die Privatentnahmen bzw. die Einlagen in diesem Fall zusätzlich zu erfassen.
Vorgezogene Zinsaufwendungen, wie z. B. ein Disagio, werden in der Buchführung des Einnahmen-Überschuss-Rechners direkt als Betriebsausgabe erfasst. Der Bilanzierer muss diese Aufwendungen auf die Laufzeit des Kredit bzw. auf die Laufzeit der Zinsfestschreibung aufteilen. Hierzu ist in der Buchführung ein Rechnungsabgrenzungsposten zu bilden. Dieser wird dann Jahr für Jahr aufgelöst.